HS-Saintifika, Program mandiri diselenggarakan HS-Saintifika dengan hanya menyediakan modul pembelajaran , soal ulangan,soal ujian blok , soal semester dikirim ke rumah siswa melalui jasa pengiriman . Tutor atau pembimbing siswa disiapkan sendiri oleh siswa atau orang tua, hal ini dikarenakan berbagai alasan ,misal kendala jarak tempuh antara HS-Saintifika dengan rumah siswa atau hal lain.Penyelenggaraan UN atau UASBN siswa diharuskan datang ke tempat ujian yang telah direkomendasikan HS-Saintifika dengan bekerja sama dinas pendidikan setempat. Program mandiri HS-Saintifika dapat diikuti oleh siswa seluruh Indonesia.
